Il Nuovo Centro Ospitaliero, portato a compimento dalle Amministrazioni Commissariali Landi e Landi-Dorizzi, fu inaugurato il 13 settembre 1942 alla presenza del sottosegretario all'Interno Buffarini Guidi con una grande cerimonia pubblica.
Circa un anno dopo però fu requisito d'autorità da Reparti Sanitari Tedeschi, contro il parere del presidente avv. Dorizzi che nel dicembre 1943 diede le dimissioni. La sera del 5 luglio 1944 l'Ospedale Militare, dove erano stati trasportati i malati civili, fu colpito da un bombardamento aereo che distrusse più sale e causò la morte di 49 persone tra degenti e suore. L'Amministrazione allora distribuì i malati parte all'Istituto maschile Don Mazza e parte alla Casa della Maternità Provinciale "dislocando sezioni anche presso la CRI di via Ponte Pignolo e presso gli Ospedali di Zevio e S. Bonifacio, mentre altri servizi trovarono ospitalità presso l'Istituto Campostrini, il Seminario Vescovile e l'Istituto di Nazareth". Per i piccoli malati dell'Ospedale Alessandri fu trovata una sede di fortuna presso l'Istituto Suore Missionarie della Nigrizia al Cesiolo, al "preventorium" e alla Maternità Provinciale di via Moschini.
Altri bombardamenti colpirono, nella notte dal 2 al 3 marzo 1945, la sede provvisoria degli Uffici Amministrativi presso l'Istituto Campostrini e il 9 marzo 1945 il Centro Ospedaliero di Borgo Trento, dove fu distrutto il nuovo padiglione Alloggio Suore. Il 6 aprile 1945 numerose bombe caddero sui fabbricati del vecchio Ospedale di Sant'Antonio che fu quasi totalmente distrutto. Al suo posto attualmente hanno sede i due palazzi dell'Automobil Club e della Direzione Generale dell'ULSS 20 e tutte le costruzioni che
occupano l'area tra via Valverde e via Marconi, divisi dalla recente via Poloni.

I molti Reparti e Servizi ospedalieri, tornarono a rioccupare i luoghi loro destinati nell'ottobre del 1945, ma il nuovo Centro Ospdaliero di Borgo Trento, fu in grado di funzionare pienamente dopo il ripristino di immobili ed attrezzature da parte dell'Amministrazione Mattucci.