Nei primi anni di attività l'Amministrazione dell'Ospedale Civico stabilì nuove norme per la degenza degli infermi. Il ricovero era gratuito per i poveri residenti in città, mentre per gli altri malati le cure dovevano essere pagate dai rispettivi enti o comuni di appartenenza. I ricoveri a pagamento costituivano una novità assoluta ed erano spia della nuova funzione di luogo di cura "specializzato" che l'ospedale si preparava ad assumere. Per adeguare l'ospedale alle nuove esigenze sanitarie furono necessari lavori di ristrutturazione e si allestirono quattro reparti: il medico-maschile ed il femminile, un reparto chirurgico promiscuo che ospitava anche le sifilitiche e le partorienti. Il reparto maniaci era diviso nella sezione femminile e maschile.

Al fine di visitare e servire gli infermi della Santa Casa della Misericordia ed in quella della Pietà si era costituita fin dal 1738 una Congregazione della Carità. Nel 1796 don Pietro Leonardi (1769-1844) fonda la "Sacra Fratellanza dei Preti e Laici Spedalieri" con il compito di portare assistenza spirituale e umana agli ammalati. Don Carlo Steeb (1773-1856) entra a far parte della Sacra Fratellanza fin dalla fondazione prestando per 18 anni assistenza nel Lazzaretto. L'incontro con Luigia Poloni (1802-1855) risulta determinante per la fondazione di un istituto di donne con il preciso fine di assistere gli infermi e nel 1840 si forma il primo nucleo delle "Sorelle della Misericordia", che si inserisce fra il personale infermieristico allora reclutato dagli strati più umili della
popolazione, malamente retribuito, poco considerato e per nulla preparato.
Alla "Sacra Fratellanza" aveva aderito ancor giovane anche Cesare Bresciani (1783-1871) che nel 1828 verrà nominato Cappellano capo dell'Ospitale Civile e del Ricovero. Personaggio ricco di umanità e di cultura, aderisce all'Ordine dei "Ministri degli infermi" di S. Camillo de' Lellis con lo scopo raggiunto nel 1842 di fondare a Verona una Casa che garantisse la presenza costante di sacerdoti all'interno dell'Ospedale, al fine di
dare nei reparti maschili oltre all'assistenza spirituale anche quella infermieristica.