Nel 1814 il Veneto passò agli austriaci e venne annesso al Regno Lombardo-Veneto.
Pochi anni dopo, nel 1821, il governo austriaco modificò profondamente l'amministrazione del sistema sanitario veronese sopprimendo la Congregazione di Carità. Gli istituti assistenziali tornavano così ad avere un'amministrazione autonoma la cui gestione fu affidata ad un Direttore stabile. In quegli anni venne anche ribadito che i comuni dovevano provvedere ai rispettivi istituti di beneficenza locali, mentre quelli per i maniaci e per gli esposti erano considerati di competenza statale. Nel 1861 l'amministrazione e la direzione degli istituti e dei fondi di beneficenza furono sottoposte ad una neo-istituita Congregazione per la Beneficenza Pubblica che in sostanza aveva le medesime funzioni della Congregazione di Carità francese. Nonostante questi cambiamenti amministrativi, la rete assistenziale rimase pressoché identica a quella del periodo francese.

Dopo il trasferimento degli ammalati dall'Ospedale della Misericordia al nuovo Ospedale Civile di Sant'Antonio al Corso, la sede di piazza Bra fu definitivamente abbandonata. Il governo austriaco non guardava con favore a quell'edificio incompleto e collocato nel centro cittadino. Per accogliere degnamente le personalità che partecipavano al congresso della santa Alleanza, fu deciso pertanto di risistemare la piazza, con la demolizione dell'Ospedale della Misericordia e il completamento della facciata del palazzo della Gran Guardia. Della demolizione dell'Ospedale avvenuta tra il 1819 e il 1820 restano numerose testimonianze grafiche.
La sistemazione di piazza Brà fu completata dall'ingegnere comunale Giuseppe Barbieri che fu anche l'autore del progetto per la costruzione del Palazzo Municipale, avviata nel 1848 e terminata intorno agli anni Sessanta.