Con il trattato di Campoformio (1797), che assegnava il Veneto agli Austriaci, si chiudeva l'età della Repubblica veneta. Gli Austriaci rimasero però troppo poco tempo al governo della città di Verona per poter promuovere una riforma assistenziale. Il governo napoleonico a seguito del trattato di Lunéville (1801) e della pace di Presburgo del 1805 prese possesso della città.
Sotto la dominazione napoleonica durata un decennio circa, si assistette però ad una complessiva e fondamentale riorganizzazione del sistema assistenziale veronese. Nel 1807 il governo francese creò la Congregazione di Carità, ufficio comunale che doveva amministrare i patrimoni degli istituti assistenziali, sottraendo così la direzione dei luoghi pii dalle mani di confraternite e privati cittadini. Dall'assistenza privata si passò all'assistenza "pubblica". Poco dopo, il governo francese avviò una riforma generale della destinazione d'uso degli ospedali in base alla quale furono distinte chiaramente le persone con disagi sociali dai veri malati, a vantaggio di un'assistenza più qualificata.
I bambini abbandonati continuarono ad essere inviati alla Domus Pietatis, che nel 1812 si trasferì nell'ex sede del conservatorio dei Derelitti e divenne Casa degli esposti. I bambini e gli adolescenti vennero ospitati nell'Orfanotrofio maschile e nell'Orfanotrofio femminile di recente creazione. Le donne povere, abbandonate e "traviate" furono accolte nella Casa di Ritiro, nell'ex monastero di Santa Trinità. Per gli altri poveri furono aperte la Casa di Ricovero, adibita ad "accogliere e alimentare i poveri della città impotenti a qualsiasi lavoro", e la Casa d'Industria, destinata a "dar lavoro ai capaci che non ne avevano".
Alla Santa Casa di Misericordia, nel frattempo, era stato associato l'Ospedale di San Giacomo alla Tomba. L'edificio della Misericordia non piaceva al governo francese. Dotato di corsie strette e di poche stanze non era in grado di rispondere adeguatamente ai bisogni della popolazione. E quando nel 1807 vi furono ricoverati anche i pazzi la situazione peggiorò ulteriormente. Non piaceva nemmeno la sua ubicazione nel centro cittadino, che contrastava con l'idea sempre più accarezzata di collocare gli ospedali fuori città.
Fu quindi deciso di adibire ad ospedale l'ex monastero di Sant'Antonio al Corso, nell'attuale via della Valverde, reso libero in seguito alla soppressione degli ordini religiosi. L'edificio era una struttura molto più capace della Misericordia e situata in un'area salubre, in periferia ma non troppo distante dal centro. A poco più di un decennio del rifacimento del nuovo ospedale in piazza Bra, nel 1812, i degenti della Misericordia furono trasferiti nel nuovo ospedale di Sant'Antonio, che assunse la denominazione di Civico Ospitale.